Примерно 100 тысяч лет назад север Евразии занимал огромный ледник.  Очагом местного оледенения стали горы Алтая. В это время происходит вымирание субтропических животных и растений, в холодных степях алтайского предгорья и в горных долинах появляются мамонты, сибирские носороги и другие животные ледникового периода.

Имеющиеся на сегодня данные позволяют говорить о том, что заселение территории Алтая произошло после продвижения ископаемого вида человека с территории Африки около 1,5 млн. лет назад. Около 1 млн. лет назад человек заселил Восточную и Юго-Восточную Азию и около 500 тыс. лет назад достиг Алтая. 

Мустьерский период был значительным шагом в развитии материальной культуры и временем возникновения духовной культуры человека.

В последующее время, до конца позднего палеолита, человек продолжал осваивать горную систему Алтая.

12 - 10 тыс.  лет назад вновь начинается потепление. Значительно изменяются ландшафты, исчезают крупные животные мамонтовой фауны. Начинается эпоха голоцена, длящаяся и по сей день.

В неолите совершенствуются старые способы обработки камня, развивается вкладышевая техника, в основе которой было изготовление специальных пластин-вкладышей. Эти вкладыши крепились к костяной или деревянной основе.

Наиболее ранние земледельческие орудия на территории Горного Алтая обнаружены в памятниках афанасьевской культуры (IV – нач. II тыс.  до н.э.). Это южносибирская культура бронзового века, созданная европеоидными земледельческо-скотоводческими племенами индоевропейцев.

В 1985 году В.Д. Кубаревым на Алтае (в Онгудайском районе) была открыта новая археологическая культура, получившая название «каракольская».